Към днешна дата повече от 200 антимикробни пептида са изолирани от различни организми, като над 170 са получени само от насекоми. Тези пептиди се класифицират въз основа на техния произход и структурни свойства.
Линейни пептиди със спирална структура
Цекропините са първите открити животински антимикробни пептиди; те са изолирани от какавиди на американски копринен молец (*Hyalophora cecropia*) от Boman et al. през 1980 г.
Линейни пептиди, богати на специфични аминокиселини
Апидецините са богати на пролин-пептидни антибиотици, изолирани от медоносни пчели. Те обикновено се състоят от 16-18 аминокиселинни остатъка, като съдържанието на пролин достига до 33%, а съдържанието на аргинин до 17%. Апидецините проявяват силна активност срещу някои Грам-отрицателни бактерии, но са неефективни срещу Грам-положителни бактерии.
Пептиди, съдържащи единична дисулфидна връзка
Това е малък клас антимикробни пептиди. Първият открит пептид от този тип е бактенецин, получен от говежди неутрофили. Съдържа 12 аминокиселини-включително четири аргининови остатъка-и образува дисулфидна връзка между втория и единадесетия остатък.
Пептиди, съдържащи две или повече дисулфидни връзки
Дефензините са прототипните представители на този клас. Първоначално откритите -дефензини, получени от тъкани на бозайници, обикновено съдържат 29–34 аминокиселинни остатъка; шест запазени цистеинови остатъка образуват три вътрешномолекулни дисулфидни връзки. В допълнение, остатъците от аргинин в позиции 6 и 15, както и глицинов остатък в позиция 24, са запазени.
Лантибиотици
Лантибиотиците са пептидни антибиотици, произведени от бактерии; те са генетично кодирани, синтезирани върху рибозоми и претърпяват пост{0}}транслационна модификация, за да включат специфични органични групи. Низинът е най-задълбочено изследваният сред тях.
